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コロナウイルスタンパク質配列を1024次元に埋め込むとはどういうこと?
近年、バイオインフォマティクスの分野で急速に注目を集めているのが、タンパク質配列をベクトル表現に変換するための大規模言語モデル "ProtTrans" です。私たちのプロジェクトでも、DeepPurpose を COVID-19 スクリーニング用に改造する際に、この...
fukushimadiaryoffi
3 日前読了時間: 3分
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AIが薬候補を見つける - DeepPurposeで加速する「分子×タンパク質」スクリーニング
最近、私たちが取り組んでいる話題として、DeepPurpose というオープンソースの薬剤スクリーニング AI ツールを使った研究があります。今回はこの DeepPurpose を用いて、ロングコロナに対する自然化合物のスクリーニングを行っている背景や意義についてご紹介しま...
fukushimadiaryoffi
4月23日読了時間: 3分
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計算分子動力学(MD)における「信頼できる分析」とは?
私たちが公開している研究レポートに対して、分析手法の「妥当性」や「検証方法」に関心を寄せてくださる方が増えています。 特に、シミュレーションの結果が「単なる可視化」ではなく「物理的整合性をもつ分析」であるために、どのような確認・定量評価をしているのかが重要な問いとなります。...
fukushimadiaryoffi
3月27日読了時間: 2分
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今日の研究日記: シグマ-1受容体における化合物Xの新たな可能性
本日の研究では、 「化合物X」 について、シグマ-1受容体に対する重要な知見が得られました。この化合物は、2つの既存の合成アゴニスト( PRE-084 および SKF-10047 )と同じ結合部位に収まることが確認され、シグマ-1受容体の活性化が期待されます。 1....
fukushimadiaryoffi
1月22日読了時間: 3分
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